您在临床工作中是不是经常遇到这样的疑问：这个孩子看起来明显是遗传病，为什么全外检测报告结果是未检出？报告里的这个基因的变异跟患者临床表型很相符，为什么结果是未检出？检出临床意义未明（VUS）的变异到底能不能解释患者表型，能否下诊断？

  全外显子组测序（WES，Whole Exome Sequencing）是目前遗传病诊断应用最为广泛的检测手段，能有效解决大部分单基因病、部分基因组病和线粒体疾病的病因问题。当拿到全外检测结果时，我们该如何阅读一份检测报告，并将其中的有效信息助力临床诊治呢？

  阅读一份全外显子组测序检测报告的关键在于评估所检出的变异是否为患者病因，这需要结合遗传学基础知识、疾病背景以及报告结构来进行综合判断。全外报告结果通常包括以下三个层面内容：

  1. 核心结果或主要发现：与申请医师提供的临床表型高度相关的致病性变异。

  2. 需要进一步明确的变异或者意外发现：与申请医师提供的临床表型相关但致病性证据不足或遗传模式不符的VUS变异、以及与申请检测目标无关的致病性变异。

  3. 附表：与申请医师提供的表型具有一定相关性同时具有一部分致病性证据的VUS变异、与表型无关的致病性变异/VUS变异等。

  核心结果一般用于展示患者的病因。判断一个变异是否为患者的病因，我们通常需要从三个维度去综合考虑，即表型是否相符、变异评级是否能达到致病（P）或疑似致病（LP）、以及遗传模式和致病机制是否相符。只有当这三个维度都相符时，我们才能认为该变异为患者的病因；否则只要有任何一个维度存在不符，都需要存疑，进而进行更为充分的文献查阅、表型核对、完善相关检查甚至功能实验等，来消除疑虑，从而确定变异的致病性。

  考虑表型是否相符时，需要全面考量患者各个系统的表型，一些检查比如血尿代谢质谱、酶学检查等提供的分子表型通常能提供更准确的判断。在考虑表型是否相符的同时，还应当考虑表型是否具有特异性。一种表型只对应一个基因（高度特异），和一种表型对应很多基因（不特异），其权重是不一样的[1]，高度特异的表型可信度更高。

  变异评级目前主要依照美国医学遗传学与基因组学学会（ACMG）发布的指南[2]体系来进行。ACMG指南包括6个维度的证据体系，即表型、人群频率，有害性预测，功能实验，家系共分离，病例数。变异评级就是寻找致病性证据的过程，当致病性证据充分时，我们认为该变异致病的可能性大。通常评级为疑似致病（LP）代表约90%的概率致病 [2]。因此，判断变异致病性须用证据说话，切忌主观盲目判断。

  遗传模式和致病机制的判断通常是最复杂的。显性遗传的疾病，如果变异遗传自无表型的父母，这个时候就需要存疑了。许多基因既与显性遗传疾病相关也与隐性遗传疾病相关，如果检出一个评级为P/LP的位点，如何判断它究竟是显性致病还是隐性致病（见下图）？这些都是需要考虑、解决的问题。

（图注：AD，常染色体显性；AR，常染色体隐性；LOF，功能丧失；GOF，功能获得）

  需要进一步明确的变异或者意外发现通常用于展示与患者表型相关但致病性证据不足或遗传模式不符的变异。ACMG推荐报告的具有重要医疗价值的致病性变异（ACMG SF v3.3）作为意外发现也展示在这一部分。附表中的变异通常来自于计算机分析筛选出的变异列表，部分第三方公司选择将变异列表全部放在报告里，这样会导致报告冗长，可读性差。我院的报告附表是经过解读人员挑选的，一般是有两线以上致病性证据和/或表型相关的变异。

  需要特别注意的问题：

  1.当变异是否为患者病因存疑时：可以通过文献查阅结合遗传学专业知识来进行判断，必要的时候可以组织病例讨论；临床医生可以和遗传科取得联系，随时进行讨论。

  2.不要过度解读VUS变异：对于一个变异我们首先只能做“无罪推论”，进而寻找它致病的证据；不能先入为主做“有罪推论”，避免造成“冤假错案”。附表中的变异是三个维度（表型、变异评级、遗传模式和致病机制）至少有一个维度不相符的变异，因此，即便是觉得附表中某个变异所在的基因导致的表型跟患者表型很像，也不能主观地认为这个变异就是患者病因，更不能草率的告诉患者这个变异就是他的病因，以免引起不必要的麻烦甚至纠纷；正确的做法是进一步查阅文献或者和遗传科进行讨论。

  3.未检出病因不强求：目前的基因检测仅能解决已知的单基因遗传病的病因问题，复杂疾病（多基因病）的病因仍属于世界性的难题。受限于目前人类对疾病和基因组的认知以及二代测序技术的局限性，全外显子组测序检测的检出率最高也只能接近50%。高度怀疑遗传性疾病的患者，全外检测结果未检出通常提示致病性的变异可能不在全外的检测范围内，或者患者的病因可能不是由单个基因的变异导致的。部分未检出的病例可以根据具体情况酌情考虑用其它方法（例如全基因组测序等）进一步进行检测。全外显子组数据需要定期进行重分析，随着人类对疾病和基因组认知的提升，目前不能诊断的疾病可能在几年以后就能被诊断出来了。

（作者：彭聿 王华）

参考文献

1. 遗传病基因变异全外显子组测序技术规范化应用专家共识. 中华医学遗传学杂志. (2025).

2. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genetics in medicine. (2015).